BioLab

Bienvenidas/os al Grupo de Investigación en Microbiota y Microbioma aplicado a la clínica, el cual llevamos adelante principalmente desde nuestro laboratorio llamado Biolab.

La misión de nuestro equipo de investigación es estudiar y analizar la microbiota y microbioma humano enfocándonos en posibles aplicaciones hacia la clínica, trabajando con técnicas y metodologías de vanguardia a nivel mundial en colaboración con instituciones de primer nivel, como el NIST (National Institute for Standards and Technology) de Estados Unidos y empresas como Illumina, Inc y Zymo Research.

Estamos fuertemente interesados en caracterizar y lograr una profunda comprensión de la relación entre microbiota, microbioma y diferentes condiciones en procesos de salud y enfermedad.

Realizamos análisis integrales de la microbiota y microbioma humano en un contexto interrelacionado de intervenciones clínicas, metabólicas, antropométricas y dietéticas para estudiar la relación entre todas estas características clave y llegar así a achicar la brecha entre la ciencia y posibles enfoques de diagnóstico y tratamiento de enfermedades.

 

En particular, desde el punto de vista del microbioma, partimos de una caracterización de su composición, para ir más allá en la identificación y estudio de posibles metabolitos activos y vías metabólicas relacionados con acciones directas en nuestro metabolismo.

 

Desde el punto de vista metodológico y científico nos enfocamos en estudiar todas las instancias y procesos involucrados en nuestro objetivo: desde la extracción de las muestras hasta la interpretación de los resultados, haciendo todos y cada uno de los pasos persiguiendo estándares internacionales.

El BioLab y la Universidad Austral

 

Somos un laboratorio de investigación, docencia y transferencia tecnológica enmarcado en un ecosistema científico y empresarial situado en el Campus de la Universidad Austral, en Pilar (Argentina). El Hospital Universitario Austral, la empresa Sirius Software, La Facultad de Ciencias Biomédicas, el Instituto de Investigación en Medicina Traslacional (IIMT), la Facultad de Ingeniería y el Parque Empresarial Austral son componentes claves de un ecosistema que nos enriquece y potencia.

El BioLab y la empresa Sirius Software

Actualmente contamos con una alianza estratégica con la empresa Sirius Software, quien nos ha equipado con diversos equipos para el procesamiento de muestras para análisis genómicos. En conjunto, buscamos dar respuesta a necesidades de índole biomédica en diversas áreas de aplicación.

Nuestro equipo

  • Líder de equipo técnico y científico: Dr. Juan P. Bustamante

jbustamante@austral.edu.ar – bustamante.bio@gmail.com

    • Licenciado en Bioinformática (Univ. Nacional de Entre Ríos).
    • Doctorado en Química Biológica (Univ. de Buenos Aires).
    • Post-doctorado en genómica clínica (Univ. de Buenos Aires).
    • Post-doctorado en microbiota (uBiome, USA).
    • Ex coordinador de validaciones clínicas de tests de microbiota (uBiome, Chile, USA).
    • Investigador del CONICET.
    • Investigador Principal en MicrobiAr.
    • Docente universitario de grado y posgrados (principalmente en Univ. Nacional de Entre Ríos y Univ. Austral).
    • Director Académico de Ingeniería Biomédica (Fac. Ingeniería, Univ. Austral).

 

  • Coordinador del BioLab: Dr. Ignacio Cassol

icassol@austral.edu.ar

    • Ingeniero en Sistemas (UTN).
    • Magister in Software Engineering (ITBA).
    • Phd in Computational mathematics (UNICEN).
    • Postdoc Bioinformatics applied to human genetics (TECNUN).

 

  • Lic. Rodrigo Peralta

rodrigo.peralta93@gmail.com

    • Estudiante doctoral en Facultad de Ingeniería de la UNER.
    • Docente y becario doctoral de la Facultad de Ingeniería de la Universidad Austral.
    • Licenciado en Bioinformática de la Universidad Nacional de Entre Ríos.

 

  • Lic. Rosario Taussig

rtaussig@austral.edu.ar

    • Estudiante doctoral en Facultad de Ingeniería de la UA.
    • Docente de la Facultad de Ingeniería de la Universidad Austral.
    • Licenciada en Biotecnología de la Universidad Nacional de San Martín.

 

  • Josefina Arcagni

arcagnij@gmail.com

    • Estudiante de Ingeniería Biomédica en Facultad de Ingeniería de la UA.

 

  • Mauro Ibañez

maurotibanez@gmail.com

    • Estudiante de Licenciatura en Bioinformática en Facultad de Ingeniería de la UNER.

 

  • Camila Contestabile Monti

camilacontestabile@gmail.com

    • Estudiante de Ingeniería Biomédica en Facultad de Ingeniería de la UA.

 

  • Paula López

plopezvinas@gmail.com

    • Estudiante de Licenciatura en Biotecnología de la Facultad de Cs. Bioquímicas y Farmacéuticas – Universidad Nacional de Rosario.

Temas de investigación

Análisis comparativo de herramientas bioinformáticas utilizadas para el procesamiento de datos de microbiota y microbioma.

Este estudio está enfocado en identificar fortalezas y limitaciones de las herramientas bioinformáticas que procesan los datos genómicos crudos, brindan información sobre alfa y beta diversidad, análisis diferencial y correlaciones. Para esto, estamos trabajando sobre conjuntos de datos públicos de artículos publicados, simulaciones de conjuntos de datos y procesamiento de los datos provenientes de nuestros propios proyectos de investigación.

  • Desde esta perspectiva buscamos que todo el procesamiento y análisis de las muestras sea lo más adecuado posible. Es de público conocimiento que la comunidad científica no ha logrado aún acuerdos internacionales sobre cuál es el camino correcto para el manejo de muestras, extracción de ácidos nucleicos y preparación de bibliotecas genómicas para una posterior secuenciación. Trabajamos en optimizar todo el proceso de manera tal que la información obtenida al realizar análisis de microbiota sea representativa tanto de la naturaleza microbiana como del estadío en el que se encontraba en su sitio de origen al momento de la toma de muestra.

En base a trabajos ya publicados a nivel mundial en el área; estamos armando una base de datos y análisis relacionados que describan relaciones entre, principalmente, microorganismos presentes en la microbiota y rutas metabólicas activas tanto de los mismos microorganismos como del organismo hospedador. Pues a medida que avanza el tiempo son más las repercusiones detalladas de metabolitos microbianos en las vías de señalización de los hospedadores.

En colaboración con el laboratorio de gastroenterología del Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo (INIGEM) del Hospital de Clínicas. En este estudio buscamos mejorar la calidad de vida de personas con obesidad, obesidad y prediabetes y obesidad y diabetes tipo 2 bajo un acompañamiento de 2 años con intervención de medicina de estilo de vida y alimentación basada en plantas. A su vez, buscamos estudiar una posible transición de estadíos de personas con obesidad/prediabetes/diabetes tipo 2 que remitan hacia controles o que evolucionen hacia perfiles similares a diabetes tipo 2 de acuerdo a parámetros clínicos y acompañados por perfiles de microbiota y microbioma. Tenemos registrado este ensayo clínico en ClinicalTrials.gov bajo el código NCT05372445.

Preprints

 

  1. Unraveling Key Features of Microbial Alpha-Diversity Metrics and Their Practical Applications

2023

Ignacio Cassol, Mauro Ibañez, Juan Pablo Bustamante

https://www.researchsquare.com/article/rs-2595260/v1

 

  1. Variability and Bias in Microbiome Metagenomic Sequencing: an Interlaboratory Study Comparing Experimental Protocols

       2023

Samuel P. Forry, Stephanie L. Servetas, Jason G. Kralj, Keng Soh, Michalis Hadjithomas, Martha Carlin, Maria G de Amorim, Benjamin Auch, Matthew G Bakker, Thais F Bartelli, Juan P. Bustamante, Ignacio Cassol, Mauricio Chalita, Emmanuel Dias-Neto,  Daryl M. Gohl, Jekaterina Kazantseva,  Muyideen T. Haruna, Peter Menzel, Bruno S Moda, Lorieza Neuberger-Castillo, Diana N Nunes, Isha R. Patel, Rodrigo D. Peralta, Adrien Saliou, Rolf Schwarzer, Samantha Sevilla, Isabella K T M Takenaka,  Jeremy R. Wang, Rob Knight, Dirk Gevers, Scott A. Jackson

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.04.28.538741v2

  1. Human microbiome data: Key considerations for a correct and comparative study.

Cassol, R.D. Peralta, R. Taussig, J.P. Bustamante

https://semipyp.es/pdf/anales/vol2_num1.pdf